過去，中國政府為了吸引外資進駐，往往採取最直接的稅收優惠的手段，結果卻造成經濟改革二十年來，內外資企業稅率相差十％以上的不平等現象，也讓外資企業在中國市場享有超優惠待遇。
不過隨著中國加入WTO五周年的到來，創造一個平等健全的競爭環境就變成中國內資企業要求政府採取一致稅率的強大理由，如今，新的《企業所得稅法》將於二○○八年一月一日開始實施，內外資企業將採取統一的二十五％所得稅率，也終結外資吃香的不平等年代，連帶也給過去享受稅收優惠的台商產生經營上的新課題。
**兩稅統一後，選擇投資地點更多
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首先，「未來台商在發展地區上的選擇將更為全面，」南開大學商學院教授白長虹就認為，過去，中國為了吸引外資，在沿海地區設立了許多「特區」、「經濟技術開發區」及「保稅區」，並給予台商在這些地區投資的優惠，因此，過去台商多以這些地區為發展根據地，而兩稅統一後，這些地區的稅收優惠將會與其他地區一致。因此，台商未來赴大陸投資，特區、經濟技術開發區及保稅區將不見得是最佳選擇，台商必定會採取全新的思維來選址，「例如產業鏈的完整性、區域性的發展潛力，以及是否位於中國內需市場的核心等，都將會取代稅收優惠這個條件而躍升台商選址的首要考量。」白長虹如此表示。
此外，兩稅併軌後，中國實際上仍會採行部份稅收優惠的策略，「只是會由過去的全部有獎，轉為重點發展。」上海交通大學安泰經濟與管理學院教授余明陽就透露，未來兩稅併軌後，能夠繼續享受稅收優惠的產業，將會著重在高科技、軟體、半導體、農業、能源、交通、環保或是重要原材料等投資項目，而「傳統製造業類型的台商將逐步在中國喪失競爭力。」余明陽說。
「因為這些傳統製造業都屬微利行業，所以影響最大，」余明陽認為，未來，勞動密集的傳統產業台商，如家飾、服裝，玩具加工以及利潤不高的行業，因為兩稅合一而至少增加八％的成本，但中國內資企業卻因此一下子少繳十％的稅，使得台商與內資業者在一來一往之間，成本負擔拉近，讓台商企業對大陸內資企業的競爭力降低許多，亦將使台商企業無利可圖，而不得不縮減規模，或是移至國外，因此，對這類台商而言，影響將大於其他行業。
不過，中國政府當然也看到這種影響力道，因此為了避免新的企業所得稅法對於台灣主要企業類型－－中小企業造成過大的衝擊，中國財政部部長金人慶還特別表示，中國將專門為香港、澳門與台灣等地的中小型企業另外制定小型微利企業稅率，以減低影響，不過，後續影響仍有待時間來證明，「畢竟，這些特定稅率仍會較過去外資優惠來得高，同樣會造成成本上的負擔。」余明陽說。
**查稅力道加強，守法壓力更大
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此外，兩稅並軌之後，中國政府查稅的力道亦將大於以往。以此次大陸國家稅務總局發布的最新資料顯示，兩稅合一之後，中國往後每年至少將比過去短缺一千億人民幣的稅收，「在沒有擴大稅基的情況下，加強查稅作為會是現今中國政府最積極著手的項目，所以未來台商最好還是誠實申報，」位於上海的安永華明會計務所會計師伍淑明就如此認為。
「過去，為了擴大獲利，許多台商都透過海外的組織運作，用跨國投資的名義來避稅，也就是透過第三地的控股公司（例如在英屬開曼群島註冊等名義）來經營中國市場。」伍淑明認為，這種先改變身分再到中國投資的策略，使得過去台商能把在中國市場所獲取的利潤藏在第三地的公司，而這些地方多數為免稅天堂，台商就可透過移轉計價方式，將利潤隱藏在第三地，至使中國地區的公司利潤減少甚至虧損，以逃避稅負，「但是這種作法將在二○○七年面對中國政府的強力查緝。」伍淑明直接挑明地講。
因為，在新稅制度確認之後，中國政府在二○○七年的稅收重點第一項就明言「強化稅收法治」，指出嚴格執法、強化監督將是年度重點工作。可見，查察逃漏稅將是今年中國稅制改革後最重要的工作內容。看來，過去習慣鑽中國稅務漏洞的台商企業應該要有所警惕，「千萬別忽視中國政府推動稅改及強化管理的決心，否則將會踢到鐵板，」伍淑明說。
不過，也有台商認為兩稅合一這也是好事一樁。「這樣，台商以後就可以節省在海外設立空殼公司的花費，把過去浪費在如何省錢的時間與成本，轉而投入在如何賺錢上，讓商業回歸到經營的基本面上，這也是因禍得福。」在中國從事轉投資事業的新岱（中國）有限公司副總經理謝品華就笑著表示。
