台灣整體學術水平因為諸多結構性因素的扭曲，而愈益向下沉淪、趨於崩壞。成事不足、敗事有餘的教育部和科技部所推出的諸多政策，是其中最主要的惡因。
首先，這20年來教育部和科技部迷信新管理主義，以競爭型獎補方式搭配各式績效評鑑，造成台灣各大學校園原本多元、深邃的學術生命力，全面性的被量化數字和指標所扼殺。大學中的時間、空間和研究、教學活動等諸多不可共量、不可化約的異質面向，逐漸地被換算成等量齊觀且具有交換價值的數字和指標。這整個過程可說是台灣高教主體性物化和大學知識分子異化的過程。
師生間只剩下利益計算和貌合神離的虛情假意
外顯的數字和指標，把大學校園中，教授與學生在探求真理過程中，自然滋長的心領神會和歡會神契給遮蔽了。師生之間只剩下各自的利益計算和貌合神離的虛情假意。
這20年來，這兩個部會更換過無數的部長、次長和司長，每一任的任期都不長，但他們大多急著在短暫的任期中，提出大而無當、缺乏永續性的計畫。卻在政權轉移過程中，政隨人轉、人亡政息。
繼任者常常無心於賡續前任的政策，而覬覦從自己提出的新計畫中展現政績。從長時間來回顧，我們可以發現，教育部和科技部的許多計畫之提出，皆欠缺深思熟慮或忽視審議式民主程序，結果執行上曾喧騰一時，不久便歸於寂靜。缺乏永續性的政策總是如高空煙火般曇花一現，卻煙花易冷且衍生許多非預期的後果。當我們在回顧這些官員的政績時，沒有人會細細追究他們是否應為政策執行的負面後果負起政治責任。於是台灣高教就在政客的起起落落中、計畫不斷地推陳出新中沉淪下去了。
儘管人事不斷更迭、計畫不斷翻新，但績效主義的信仰卻成為歷久彌新的超穩定結構，成為評量大學方方面面的唯一判準。從頂尖大學計畫、教學卓越計畫、典範科大計畫、科技部各項計畫，乃至校務、系所專業評鑑和內部教師評鑑等，大學校園和大學知識分子們一方面瘋狂地搶奪政府計畫，一方面窮於應付各類評鑑和訪視，造成的是整體高教盲目的過動和各類研究、教學的淺碟化和速食化。
套用既有模型來快速量產論文，成為台灣學者主要路徑
在學術研究方面，被期待短期速成的計畫申請和成果報告，壓縮了學術深思熟慮的條件，對學者而言，最安全的研究取徑就是在既有的典範、理論和方法論預設下，提出呼應或印證學科主流觀點的計畫。在現有的評鑑酬賞體制下，套用既有模型來快速量產論文，成了台灣學者力爭上游、掌握權力及利益的主要路徑。
這造成了一種路徑依賴的慣性，也就是，不斷地沿用既有的思維框架，提出研究假設和預期發現，無意間造成台灣大量研究計畫的套套邏輯和同義反覆。在台灣現有的制度環境內，這樣的路徑依賴是最被鼓勵的或最十拿九穩的。反之，勇於逾越學門主流或科際界線的研究計畫，不但鮮少受到鼓勵，更常被計畫審查機制和評鑑指標給系統性地排除或懲罰。
換言之，台灣教、科兩部主導之下的學術研究環境和所建立的賞罰體制，造成台灣高教學術研究偏向量多質差、缺乏典範創新的可能性。而這樣的庸俗化學術生產環境卻非常有可能繁衍出學閥的權力與利益網絡。
這個網絡，一方面以近親繁殖的方式培養學術裙帶關係，一方面以學術外包的分工方式量產論文。結果是在平庸的學閥操作下，無限複製平庸的研究成果，必要時不惜作假。 這樣平庸的學術成果在台灣卻具有高度的交換價值，可以換算成大量的金錢、名聲和權力。
換言之，台灣教、科兩部和官、學主管們所打造的績效評量和酬賞體制，恰恰注定了台灣整體學術研究水準不可能在國際上拔尖和卓越。
未來的高教深耕計畫、玉山計畫、愛因斯坦計畫或哥倫布計畫都無法改變這個扭曲的結構
這個權力與利益加權的學閥系統不改，任何計畫資源的投入都將徒勞無功、付諸東流。無論是未來的高教深耕計畫、玉山計畫、愛因斯坦計畫或哥倫布計畫都無法改變這個扭曲的結構。就如過去的諸多計畫除了造就特定階級的既得利益外，並未讓台灣整體學術水準拔尖和卓越，教育部和科技部所提新的計畫，也將只能是餵食學閥網絡越益茁壯的養分。
但可惜的是，在既有的學術酬賞體制中，主要的獲益者率皆資深教授，其中尚包括退休再任私校的雙薪教授。高教工會根據教育部統計處公布的資料分析，目前整體高教高齡化和青年師資流失的現象愈益嚴重。目前每年大專教師員額減少約600名。104年至105學年度，從48,407名減少到47,848名。去年大專助理教授員額就減少了991名，104至105學年度，從12,900名減少到11,909名。就年齡來看，年齡在35-44歲的大專專任教師，在97學年度時，仍有19,720名，105學年度卻只剩11,491名，大幅縮減了42%。
而年齡在34歲以前的專任教師，97學年度時仍有3,444名，105年卻只剩1,255名。在青年學者大量流失的同時，45歲-54歲和55歲以上的教師人數卻逐年增加。
從以上數據我們可以發現，最有可能開創新典範，跳脫學術路徑依賴的年輕學者，正在被資深學者所構成的關係體系給系統性地排除在台灣學術社群之外，他們沒有教學和研究的機構依附（affiliation），空有學術潛能卻無從發揮。
諷刺的是，現有的獎勵制度，即便有部分是為青年學者所設（如玉山青年學者計畫、愛因斯坦計畫和哥倫布計畫），但其申請門檻卻必須是大學專任師資。這個門檻使大部分非典雇用的專案、約聘、兼任或待業青年學者，被拒於門外。
對學生付出心力的學者卻可能換來研究不力的苛責
在教學方面，首先是長期以來重研究、輕教學的學術評鑑體制嚴重的扭曲了許多學者內心的價值預設。理性計算的結果，大部分頂尖大學的學者都把心力向研究方傾斜。
輕忽教學的學者在升等和評鑑方面竟能獲得更佳的酬賞，對學生付出心力的學者卻有可能換來研究不力的苛責。這種偏頗的體制間接或直接地傷害了學生的受教權。
此外，許多以教學為主的競爭型獎補助（如教學卓越計畫）也都產生了教學拙劣化、目的與手段本末倒置的後果。主要的原因是，各大學為了搶資源，在教育部所訂定的關鍵績效指標（KPI）指引下，紛紛打腫臉衝胖子，寫出好高騖遠、不切實際的計畫。並且在計畫中承諾，要在校內以最高的KPI達成率來執行計畫。
對許多校內的教職員工生而言，教學卓越計畫的通過，無異於是災難的開始。將多如牛毛的指標換算成執行計畫的時間和體力，我們將會發現，教學卓越計畫創造了大學校園的血汗勞動。從KPI指標所預設的活動和活動所需時間，我們可以合理推測，為了全面執行教學卓越計畫的KPI，大量正常教學活動必須被教卓活動取代或權充為教卓活動。換言之，教學卓越計畫傷害教師和學生的正常教學活動成了結構性的必然。
除了血汗勞動所代表的大學校園過動現象外，教學卓越計畫的競逐也滋長出了另一種學官兩棲的學閥網絡。各大學（特別是私立大學）為了提高計畫申請和評鑑訪視的通過機會，紛紛爭取教育部（或其他部會）退休高官前往該校擔任門神。從歷年學官兩棲學閥所在學校的計畫通過率可見得，對大學而言，這是一樁穩賺不賠的好交易，但付出的代價卻是，台灣高教競爭公平性的淪喪和關係主義歪風的猖獗。
這批學官兩棲的學閥除了帶著各自的裙帶網絡進入各大學，創造行政凌駕教學的亂象外，他們更常變本加厲地執行外部和內部評鑑制度，一方面藉以創造校園全控機構，以多如毛細孔的評鑑指標來規訓教師的身心狀態，使其配合學閥指使。一方面，藉評鑑之名交叉持股，邀請彼此到各自學校擔任顧問或訪評委員，藉以鞏固人脈和榨取資源。
台灣許多大學課堂出現大班化的現象
除了以上弊端之外，20年來高教資源的僧多粥少和絕對緊縮，使各大學紛紛以最小成本和最大效益觀點來辦學。在招生方面，為了衝高註冊率以增加學雜費收入，大多寧爛物缺、普遍降低入學門檻，導致學生素質低落成為許多大學的共相。
在師資方面，為了精簡人事成本，許多大學常遇缺不補，或寧願聘任退休再任的雙薪教授，即便要新聘年輕教授，也大多以專案、約聘或兼任師資權充。這兩方面的一增一減，造成台灣許多大學課堂出現大班化的現象。
相較於OECD國家生師比平均為14.4，台灣整體高教生師比竟超出兩倍以上，教學品質之低落可見一班。
成本效益的辦學心態不但造成生師比劣化，更造成青年教師勞動條件惡化，另一方卻是既得利益集團的吃香喝辣。高教階級兩極化和資源分配不正義也成了台灣學術體質病態化的共業。以上所述台灣高教亂象已到了病入膏肓、燈殘油盡的地步，而教育部和科技部仍不能痛定思痛、對症下藥，做起死回生、振衰起敝之圖，卻沿用舊慣、巧立名目，以推陳出新的計畫供養既有的學閥網絡。此情此景，只有詩人北島的詩能加以形容：
卑鄙是卑鄙者的通行證。
高尚是高尚者的墓誌銘。
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