2012年3月，微軟看重申元慶深厚的技術背景，擁有豐富的商業營運和管理經驗，宣布任命為微軟亞太研發集團首席運營官，負責加強對雲端技術的投入，並長期負責微軟在中國的合作伙伴關係及生態系統建設。
在出任微軟亞太研發集團首席運營官前，申元慶任職於微軟中國研發集團戰略合作部資深總監，以及Windows服務器系統全球工程集團高級總監、微軟台灣公司業務市場負責人、.NET企業服務器東南亞地區總監。
創建於2005年的微軟亞太研發集團服務器和開發工具事業部，是微軟亞太研發集團的核心團隊之一，專注於微軟公有雲，私有雲和嵌入式產品和技術的研發，涉及包括支援消費者和企業級線上計費、支付的商務平台，Windows Server解決方案、System Center、SQL Server、Windows Azure、Windows Embedded及相關服務。
微軟亞太研發集團擁有3000多名研究人員和工程師，是微軟在美國之外最大的研發基地。申元慶領軍微軟亞太研發集團8大產品部門，直接參與了微軟多項桌面軟體、伺服器和工具，是雲端平臺產品的研發決策單位。其創新變革的風格，甚至不惜挑戰使用者習慣－－曾公開表示微軟未來所有產品都將採用Metro介面的設計，大幅汰舊換新產品的介面設計。
全球IT產業近幾年都經歷著巨大的變革﹐譬如移動互聯網時代崛起﹐以及Google和蘋果的勢力當道。申元慶不否認﹐在此之前﹐微軟錯過了幾次產業發展的機會﹐他說：「如果把微軟比作一個人﹐今天的他正處於38歲的階段。在過去的38年的時間裡﹐他做對過很多事情﹐但也做錯過很多事情。我加入微軟20年了﹐在我的那個年代﹐微軟一直在全球範圍內找最頂尖的人才﹐希望他們能夠不滿足於現狀﹐做破壞式的創新。」
他進一步提出，任何一家IT公司都應該關注「三角發展模式」﹐分別為技術創新﹑商業模式和用戶體驗。「早期的微軟一直認為技術創新是自己最大的優勢﹐憑藉著這一點﹐人們認可了我們的商業模式。但是﹐在那個年代﹐我們沒有用同樣的力度關注用戶體驗。」
而因應軟體產業的發展，推動了微軟業務模式多元化，積極尋求新合作機會。例如與台灣中小企業及地方政府合作的「Ｕ桃園計畫」，以及二蔣文化園區，利用ＲＦＩＤ技術可隨時提供遊客景點介紹，網路上也提供跨瀏覽器的實境體驗。申元慶指出，微軟的雲＋端技術，在台灣就是希望和硬體廠商合作，因為「台灣做『端』太強了。」
微軟中國研發集團對台灣來說，不單純是研究中心，更是發展產品的後援部隊。他很有信心，亞洲研究院用了十年晉升為全世界頂尖的實驗室，也建立了吸引人才的機制，接下來十年的目標是開發出和手機或網路一樣影響全世界的產品。亞洲如今軟體研究開發與硬體實務經驗皆已成熟，只待台灣廠商積極掌握機會，讓世界大吃一驚。
台灣的硬體實力該如何結合微軟雲端資源的優勢，掌握關鍵商機？7月9日「 2014創業小聚暨AAMA台北搖籃計畫年會 」，歡迎到現場一同聆聽微軟亞太研發集團首席營運長申元慶帶來的分享！
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